Die Photogrammetrie hat einige Einschränkungen. Ein 3D-Modell, das auf diese Weise erstellt wurde, kann nicht sofort gedruckt werden. Es muss zunächst mit einer Software retuschiert werden, um Artefakte zu entfernen. Ein weiterer Nachteil ist, dass 3D-Scans, die mit Photogrammetrie erstellt wurden, immer falsch skaliert sind.
Daher muss in jedem Photogrammetrie-3D-Scan ein Maßstab platziert werden, um das Modell nachträglich auf die richtige Größe zu bringen.